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配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件,文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体,默认只处理第一个。 靶点预处理: 去配体:提交任务时系统会自动删除配体。 是否平衡电荷:是否加入离子,使体系电荷守恒,默认是平衡电荷。 蛋白力场:蛋白质力场支持amber03, amber94,
准备工作 注册华为账号并开通华为云,并进行账号实名认证。购买服务时,账号不能处于欠费或冻结状态。 购买服务时,需使用华为主账号购买。如果不确定账号类型,可登录账号中心查看所属账号是主账号还是子账号(IAM账号)。 在账号中心左侧导航栏中有“我的主账号”页签,则说明是子账号;没有“我的主账号”页签,则说明是主账号。
分子对接作业管理 创建分子对接作业 查询分子对接作业详情 父主题: 小分子药物设计
分子优化作业管理 创建分子优化作业 查询分子优化作业详情 父主题: 小分子药物设计
分子搜索作业管理 创建分子搜索作业 查询分子搜索作业详情 父主题: 小分子药物设计
药物数据库管理 创建数据库 获取数据库列表 删除数据库 更新药物数据库 数据库追加文件 父主题: 小分子药物设计
获取空间详情 功能介绍 获取空间详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 参数解释:
删除作业 功能介绍 删除作业。 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
订阅流程 功能介绍 订阅流程。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/workflows/subscribe 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
更新应用 功能介绍 更新应用。 URI PUT /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/apps/{app_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 app_id 是 String 参数解释:
应用配置文件说明 AI科学计算平台中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在AI科学计算平台,创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建应用
定的期望理化性质,得到性质更优、结构新颖、与靶点蛋白亲和力高的化合物。 旨在帮助您了解AI科学计算服务小分子药物设计的基本使用流程以及相关的常见问题,帮助您快速上手AI科学计算服务。 父主题: 使用预置模型创建分子优化作业
如何使用Notebook的Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下,单击右上角“New”,然后选择“Terminal”,进入Terminal界面。 图1 Terminal 例如,您可以执行wget命令在公开数据集中下载基因组测序数据。
移除空间成员 功能介绍 移除空间成员。 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/members/{user_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
导入、上传或同步镜像 镜像导入 镜像按照空间进行划分和管理,隶属于不同空间的镜像可以使用“导入”,导入到本空间中,进行使用。 使用“导入”功能,用户需是其他空间中的成员,且为其他空间的“所有者”或“管理员”。 单击“我的空间”,并选择“镜像”,进入镜像管理页面。 图1 镜像 单击
上传和下载数据 在Notebook页面,可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。上传和下载的文件大小限制为100MB。 当在Notebook中上传文件提示大小受限时,您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook
NotebookImage 参数 参数类型 描述 image_type String 参数解释: 镜像类型。 约束限制: 不涉及 取值范围: SYSTEM:系统预置 CUSTOMER:自定义 默认取值: 不涉及 image_info ImageInfo object 参数解释: 镜像信息。 约束限制:
准备工作 注册华为账号并开通华为云,并进行账号实名认证。购买服务时,账号不能处于欠费或冻结状态。 购买服务时,需使用华为主账号购买。如果不确定账号类型,可登录账号中心查看所属账号是主账号还是子账号(IAM账号)。 在账号中心左侧导航栏中有“我的主账号”页签,则说明是子账号;没有“我的主账号”页签,则说明是主账号。
ID):访问密钥ID。 --sk -s 是 SK(Secret Access Key):与访问密钥ID结合使用的密钥。 --region -r 是 服务区域名称。依据购买服务所在的区域进行选择,可选cn-north-4、cn-east-3、cn-south-1。 --platform-id -i 是 项目ID,获取方法请参见获取认证信息。
聚类分析作业管理 创建聚类分析作业 查询聚类分析作业详情 父主题: 小分子药物设计