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String 作业使用的IO加速实例id，不填表示不使用； io_acc_expected_usage Integer 作业使用的SFS-Turbo实例预期占用存储量，单位G，用于投递作业时评估当前加速实例余量是否充足 still_running_tasks Array of strings
执行health --help查询支持的操作命令。Linux系统下，需添加./指定当前路径。 执行操作命令，获取项目信息。 执行health get project命令查询当前账号下所拥有的项目和项目信息。Linux系统下，需添加./指定当前路径。 使用数据、应用、流程、作业命令
上传数据 NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例，介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具，用switch命令进入待操作的项目。
安装/卸载Nextflow 安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装，安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块，单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。
创建配体相似性图计算任务 功能介绍 创建配体相似性图计算任务。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/similarity-graph 表1 路径参数
满足不同开发者需求。 产品功能 eihealth-toolkit提供了以下功能： 系统设置 您可以使用该工具获取系统标签、系统资源、系统配额信息、消息列表，查询和修改消息及完成作业保留配置，也可以获取和修改供应商logo、名称设置。 项目管理 您可以使用该工具获取、切换、创建、更
配置完成后，单击“确定”。 等待导入成功后，单击“关闭”。可以在用户管理页面查看导入成功的用户信息。 导入的用户，不支持删除，只支持移除，移除后不影响该用户操作其他服务。 图3 查看导入用户 医疗平台用户会在IAM中赋予以下细粒度权限，若该用户加入的其他IAM用户组有对应的deny权限，则会影响平台部分功能使用。
API设计规范，如表2所示。 表1 医疗智能体平台API 类型 API 说明 项目管理 项目管理 项目创建、获取项目详情、删除项目等相关操作API。 系统管理 系统管理 系统设置、系统资源、用户管理、消息中心、标签等相关操作API。 镜像管理 标签页面管理 导入镜像、更新镜像、创建镜像、删除镜像等相关操作API。
id）启动作业时，必选。 --io-acc-id -c 否 IO加速实例id，为空则不开启IO加速，设置相应加速包id将会开启加速。实例id可参考“系统设置命令>获取系统资源”章节获取。当id设置为：auto_schedule，则会自动调度加速包，当id设置为local_disk，则开启本地盘加速。
修改，最终修改结果以参数命令为准。 对于可选参数，如果命令中包含了特殊字符，需使用""括起来。 如果特殊字符中包含了双引号，需依据不同操作系统对特殊字符的规范来设置参数命令，例如： # 原镜像启动命令 bash -c "source activate my-rdkit-env &&
步骤2：下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统，eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64
并基于镜像创建应用。 本示例中制作FastQC镜像，并基于镜像创建应用，运行分析作业。 镜像简介 由于生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。 将生物信
步骤2：获取命令行工具 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统，eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64
配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件：支持PDB格式文件，文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体，默认只处理第一个。 靶点预处理： 去配体：提交任务时系统会自动删除配体。 是否平衡电荷：是否加入离子，使体系电荷守恒，默认是平衡电荷。 蛋白力场：蛋白质力场支持amber03, amber94,
# 引用的外部桶的源路径 ├─OBSFS:obsfs-bucket-name: # 引用的外部并行系统名称 │ ├─path1 # 引用的外部并行系统的源路径 导入网络数据 Windows： health import data https://eihealt
含特殊字符，将不支持下载，可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据拷贝、数据删除、数据下载、数据归档、恢复数据等操作均为系统的异步任务，您可以在“消息中心”中查看任务的执行状态。同时，平台针对该类任务支持您在“作业 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据作业
数字、中划线(-)，开始只能是小写字母，结束只能是小写字母或数字。 描述 Notebook的简要描述。 镜像类型 支持系统镜像和自定义镜像。 工作环境 选择系统镜像时，工作环境选择“PY3”。 自定义镜像：当提供的镜像无法满足您的需求时，可以使用自己制作的Notebook镜像。镜
、小写字母、下划线、中划线。 核心项目 如果设置该项目为核心项目，不支持立即删除，会进入待删除项目列表。删除项目需要等待7天保留期，到期后系统自动删除。 说明： 一旦设置为核心项目，不可变为非核心项目，非核心项目支持变为核心项目。 标签 设置项目标签。 描述 设置项目描述。 数据保护策略
选择CPU、GPU类型和大小，选择内存大小，内存单位为GB。 CPU架构依赖于制作镜像过程中选择的系统类型，以及制作镜像时所需的生物信息学软件支持在X86还是ARM上运行。例如，GATK是基于X86指令集开发的生信软件，使用CentOS的X86系统创建GATK镜像，则在创建应用时选择“X86”。 CPU需求：请按实际需求填写，取值范围为“0
数据文件的名称，不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符，将不支持下载，可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务，您可以在“数据作业”中查看任务的执行状态。同时，平台针对该类任务支持您在“数据中心 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据
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