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靶点口袋发现 靶点口袋发现实现全新元动力学算法,高效遍历柔性蛋白表面,找到潜在口袋位置。 在“资产市场 > 小分子药物设计”页面,单击“靶点口袋发现”功能卡片的“立即使用”。 图1 立即使用 选择空间后,单击“确定”进入配置页面。支持在已有空间选择空间或者新建空间。 图2 选择空间
为什么下载的部分靶点文件,显示不完整 由于molstar插件自身问题,部分靶点文件中存在REMARK行,会导致受体展示不完整。可通过手动删除文件中REMARK行来解决该问题。 如下所示: 分子优化靶点设置界面,受体展示正常。 但是下载该靶点文件后,使用通用工具Mol 3D Vie
数据库追加文件 功能介绍 数据库追加文件。 URI PUT /v1/{project_id}/drug/databases/{database_id}/data 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 参数解释: 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
获取数据作业列表 功能介绍 获取数据作业列表。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/data-jobs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
步骤2:下载并安装命令行工具ai4s-toolkit 下载命令行工具ai4s-toolkit 针对不同操作系统,ai4s-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 ai4s-windows-x86_64.zip、ai4s-windows-x86_64
创建聚类分析作业 功能介绍 创建聚类分析作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/clustering 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
生成分子SDF三维结构 功能介绍 生成分子SDF三维结构。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/sdf 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述
配体格式转换为SMILES 功能介绍 配体格式转换为SMILES,如果配体文件中存在多个分子,则只取第一个返回。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/smiles
获取用户所属空间的镜像列表 功能介绍 获取用户所属空间的镜像列表。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/images 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 参数解释: 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
更新药物数据库 功能介绍 更新药物数据库。 URI PUT /v1/{project_id}/drug/databases/{database_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 参数解释: 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
小分子药物设计作业管理简介 在作业中心页面,可以创建分子对接、分子优化、自由能微扰等的作业。 在“作业中心”页面,以列表形式展示了空间中作业的运行状态。您可以查看作业的名称、创建时间、运行状态。对于列表中的作业,支持根据创建时间、总时间、运行时长、完成时间等进行排序。 图1 作业
获取CSS集群列表 功能介绍 获取CSS集群列表。 URI GET /v1/{project_id}/drug/css-clusters 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 参数解释: 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 约束限制:
查询盘古药物分子大模型 功能介绍 查询盘古药物分子大模型。 URI GET /v1/{project_id}/drug/drug-model-resources 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 参数解释: 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
删除配体相似性图计算任务 功能介绍 删除配体相似性图计算任务。 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/similarity-graph/{task_id}
获取当前用户所属空间资源统计信息 功能介绍 获取当前用户所属空间资源统计信息。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/statistics 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 参数解释:
获取用户所属空间的应用列表 功能介绍 获取用户所属空间的应用列表。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/apps 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 参数解释: 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
获取用户所属空间的流程列表 功能介绍 获取用户所属空间的流程列表。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/workflows 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 参数解释: 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
查询配体相似性图计算任务 功能介绍 查询配体相似性图计算任务。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/similarity-graph/{task_id}
MOL 3D Viewer Mol 3D Viewer工具支持查看蛋白质和小分子的3D结构。 在“资产市场 > 小分子药物设计 > MOL 3D Viewer”页面单击“立即使用”。 图1 立即使用 选择空间后,单击“确定”进入配置页面。支持在已有空间选择空间或者新建空间。 图2
创建配体相似性图计算任务 功能介绍 创建配体相似性图计算任务。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/similarity-graph 表1 路径参数