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创建Notebook时,您可以选择系统镜像。当系统镜像无法满足您的开发需求时,您可以基于AI科学计算服务控制台提供的基础镜像包制作自定义镜像,并上传至平台。您可以在AI科学计算服务控制台“Notebooks”中使用此自定义镜像创建Notebook。
表11 StructureConstraintParamsDto 参数 是否必选 参数类型 描述 structs 是 Array of strings 子结构SMILES。
表11 StructureConstraintParamsDto 参数 是否必选 参数类型 描述 structs 是 Array of strings 子结构SMILES。
对于可选参数,如果命令中包含了特殊字符,Windows系统下需使用""括起来,Linux系统下需使用''括起来。 命令示例 本节以Windows为例介绍ai4s-toolkit的使用过程,Linux、macOS和Windows环境使用方法基本相同,可参考此章节。
Please turn to the system label setting page to set. 没有任何节点有copy-in标签,请前往系统标签设置页面进行设置。 请前往系统标签设置页面进行设置。
表12 StructureConstraintParamsDto 参数 参数类型 描述 structs Array of strings 子结构SMILES。 最小长度:1 最大长度:120 数组长度:1 - 8 exclusive Boolean 是否排除子结构。
最小值:0 最大值:5.0 缺省值:2 temperature Float MD模拟的温度,单位K。 最小值:0 最大值:1000.0 缺省值:300 step_params MdStepParam object 计算步骤参数。
快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。
最小值:0 最大值:5.0 缺省值:2 temperature 否 Float MD模拟的温度,单位K。 最小值:0 最大值:1000.0 缺省值:300 step_params 否 MdStepParam object 计算步骤参数。
容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装,用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。
快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。
如何在Notebook中安装外部库 在Jupyter Notebook中安装 例如,通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中,选择“New”(新建),然后选择“TensorFlow
CPI预测 CPI预测基于蛋白质的一级序列和化合物的2D结构进行靶点匹配,精确的预测化合物-蛋白相互作用。 在“资产市场 > 小分子药物设计”页面,单击“CPI预测”功能卡片的“立即使用”。 图1 立即使用 选择空间后,单击“确定”进入配置页面。支持在已有空间选择空间或者新建空间。
请求示例 创建notebook,使用系统默认镜像,需要cpu资源1C,内存资源5G。
受体文件仅支持pdb格式的文件,提交任务时系统会自动删除受体中包含水、配体和金属离子。删除受体文件后,运行任务时会跳过靶点设置步骤。 口袋设置。 原始配体 将原始配体作为口袋位置,也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。
Notebook简介 AI科学计算服务控制台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter Notebook
例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。 空间 空间是AI科学计算服务的一个工作空间,可以在空间中存储数据,上传镜像和创建分析作业。也可以将团队成员引入到空间中,并通过划分角色实现空间权限的划分。
基础操作系统类镜像,如Ubuntu、Suse、Centos等。 基础编程语言类镜像,如Java、Python、R语言等。 基础通用类软件镜像,如Tomcat、Mysql、Ngnix等。 获取创建Notebook的镜像 创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。
系统管理 系统管理 系统资源、用户管理、标签等相关操作API。 镜像管理 镜像管理 导入镜像、更新镜像、创建镜像、删除镜像等相关操作API。 数据管理 数据管理 数据管理相关操作API。 应用管理 应用管理 导入应用、创建应用、获取应用详情、删除应用等相关操作API。
详细的操作命令请参见系统设置命令、空间管理命令、数据管理命令、镜像管理命令、应用管理命令、AI科学计算服务流程管理命令、AI科学计算服务作业管理命令或notebook命令章节。 查询操作命令列表。 执行ai4s --help查询支持的操作命令。Linux系统下,需添加.